Sinopsis: Phantom, makhluk yang mengaburkan batas antara ilusi dan kenyataan, berkeliaran di bawah hidung manusia yang tidak menaruh curiga. Asal-usul mereka misterius dan hanya sedikit yang dapat melihat mereka - yaitu, sampai sebuah fasilitas penelitian mengebom menyebar virus yang memberi kemampuan. Manusia dengan kekuatan khusus diberi tugas untuk menyegel Phantom yang bermasalah. Haruhiko Ichijou adalah salah satu Hunter Phantom. Tidak terlalu bagus, namun. Memiliki banyak pengetahuan yang tidak berguna, kecenderungan untuk pergi dengan garis singgung, dan kemampuan penyegelan Phantom yang agak lamban, dia dan rekan setimnya Mai Kawakami berada di dasar tangga Hunter Phantom di Akademi Hosea. Agar menjadi lebih kuat, mereka merekrut rekan tim baru dan mengembangkan kekuatan baru, hanya untuk menemukan rahasia seputar Phantom dan keadaan seputar pemboman misterius Fasilitas Penelitian Alayashiki.