Sinopsis: Lima puluh tahun berlalu sejak petualangan manusia untuk menjajah ruang dalam, setelah perang pertama melawan alien. Delapan tahun berlalu setelah kejadian Macross Frontier, antara pertemuan armada 25 Frontier dan Vajras. Bertempat di tahun 2067, Macross Delta mencatat kejadian virus misterius yang disebut VAR, membuat host virus ini menjadi hebat dengan kekerasan. Militer mengumpulkan Unit Suara Taktis untuk memberantas virus call Walküre, dan yang bertanggung jawab untuk melindungi unit ini adalah Skuadron Delta. Hasil dari perang baru ini akan mempengaruhi seluruh kumpulan globular planet.